Proteomik am Klinikum rechts der Isar - TUM

Die Proteomics Core Facility bietet kompetente wissenschaftliche Unterstützung für Proteomik Projekte, angefangen mit der experimentellen Planung, über Datenaufnahme und Bioinformatische Analyse bis hin zur Dateninterpretation.

Ziele und Vorgehensweise

  • Wir nutzen proteomische Methoden um Krankheitsbilder, molekulare Stoffwechselwege und Wirkungsweisen von Arzneimittel zu untersuchen
  • Wir bringen unser proteomisches Fachwissen in die Zusammenarbeit mit Forschungsgruppen am TranslaTUM, dem Klinikum rechts der Isar oder darüber hinaus ein und bieten umfassende Unterstützung von Beginn bis zum Ende eines Projektes
  • Wir treiben die Entwicklung und Verbesserung proteomischer Technologien für die Anwendung in der medizinischen Forschung voran
  • Wir fördern die Ausbildung und fachliche Weiterbildung unserer Projektpartner und von Nachwuchswissenschaftlern

Proteomics-Technologie in den Biowissenschaften

Proteine sind essentiellen Grundbausteinen aller Lebewesen und bilden die wichtigste Komponente metabolischer Stoffwechselwege oder Signalkaskaden. Eine systematische Untersuchung des Proteomes – der Gesamtheit aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle, einem Gewebe oder einem Organismus vorkommender Proteine – ist daher ein wesentlicher Aspekt, um die molekularen Mechanismen aufzuklären die der Regulation von biologischen Prozessen in Zellen zugrunde liegen. Die Massenspektrometrie-basierte Proteomik wird sehr erfolgreich als Technologie eingesetzt, um einzelne Proteine und ganze Proteome zu untersuchen. Mit ihrer Hilfe lassen sich nicht nur die zugrunde liegenden Mechanismen von Krankheiten untersuchen, sondern auch molekulare Stoffwechselwege aufklären oder der Wirkmechanismus von Medikamenten beschreiben.

 

Die Proteomics Core Facility bietet eine breite Auswahl von MS-basierten Anwendungen an:

  • Identifizierung von Proteinen und Peptiden
  • Identifizierung und Lokalisierung von Post-translationalen Modifikationen (PTMs)
  • Absolute und relative Quantifizierung von Proteinen und PTMs unter Verwendung üblicher Quantifizierungsmethoden (SILAC, TMT, dimethyl, label-free)
  • Untersuchung von Proteinkomplexen und Protein-Protein Interaktionen
  • Untersuchung von Proteinturnover und Stabilität
  • Lokalisierung von Proteinen innerhalb einer Zelle oder eines Gewebes
  • Chemical proteomics: z.B. Kinase Screens
  • Ligand-Protein Interaktionen
  • … und vieles mehr

 

Ausstattung

Die Proteomics Core Facility verfügt über Chromatographie Equipment und Massenspektrometer der neuesten Generation was uns tiefgreifende proteomische Analysen ermöglicht. Beispielsweise:

  • mehr als 9.000 Proteine und 120.000 Peptide können innerhalb von 16 Stunden identifiziert und quantifiziert werden
  • mehr als 30.000 Phosphopeptide können innerhalb von 12 Stunden detektiert werden
  • Protein-Protein oder Protein-Wirkstoff Experimente lassen sich innerhalb von 20 Minuten pro Probe analysieren
  • Durch das Multiplexen von Proben mittels tandem-mass-tags können wir unseren Durchsatz auf 11 Proteome innerhalb von 16 Stunden erhöhen

Die Methoden zur Probenvorbereitung und Quantifizierung werden von uns jeweils an das individuelle Projekt angepasst. Unsere IT Infrastruktur erlaubt eine schnelle Datenaufbereitung und sichere Datenspeicherung. Zur Unterstützung unserer Projektpartner bei Datenauswertung und der Interpretation von Ergebnissen nutzen wir verschieden Bioinformatische Methoden, von einfachen graphischen Darstellungen von statistisch signifikanten Ergebnissen bis hin zu Netzwerkanalysen.

 

Ihr Projektpartner für proteomische Forschungsvorhaben

Die Proteomics Core Facility am Klinikum rechts der Isar ist ein eigenständiger Standort des BayBioMS(Bayerisches Zentrum für Biomolekulare Massenspektrometrie). Als neue Wissenschafts- und Technologieplattform von TUM und Klinikum rechts der Isar bieten wir fachliche Unterstützung und Zugang zu modernen proteomischen Arbeitsmethoden. Gemeinsam mit unseren Forschungspartner an der TUM, im Großraum München, Deutschland, Europa und weltweit, arbeiten wir daran die Möglichkeiten der molekularbiologischen Forschung in allen Bereichen der Medizin und Biowissenschaften voranzutreiben.

Für Projektanfragen oder generelle Fragen zum Thema Proteomik stehen wir immer gerne zur Verfügung! Weitergehende Informationen finden Sie auch auf unserer Website.